โรงเรียนเทศบาลวัดช่องคีรีศรีสิทธิวรารามได้จัดแบ่งโครงสร้างการบริหารงานเป็น๔ ฝ่ายโดยแบ่งเป็น ฝ่ายวิชาการ ฝ่ายบริหารทั่วไปผู้บริหารยึดหลักการบริหารมุ่งผลสัมฤทธิ์(Result Based Management – RBM)ที่เน้นผลผลิต (Outputs) และผลลัพธ์ (Outcomes) โดยมีตัวชี้วัดผล (Indicators)ที่เป็นรูปธรรม โดยให้ความสำคัญกับการกำหนดวิสัยทัศน์ พันธกิจ วัตถุประสงค์ เป้าหมายที่ชัดเจน และการกำหนดผลผลิต ผลลัพธ์ที่สอดคล้องกัน รวมถึงมีการกำหนดตัวชี้วัดผลการดำเนินงานที่ชัดเจนในการวัดความก้าวหน้าในการปฏิบัติงานเพื่อให้การทำงานมีประสิทธิภาพ ประสิทธิผล มีความรับผิดชอบกับผู้ที่เกี่ยวข้องกับการจัดการศึกษา และเกิดความคุ้มค่าในการใช้ภาษีของประชาชนและงบประมาณแผ่นดิน
